Auch Walter Gropius, ein Architekt und Gründer des Bauhauses in Weimar, wurde auf Klee aufmerksam. Gropius fragte ihn, ob er nicht Lust hätte, in Weimar seine Karriere fortzusetzen. Dieses verlockende Angebot nahm Paul sofort an und unterrichtete am Bauhaus Buchbinderei sowie Glas- und Wandmalerei. Mit der Lehrtätigkeit fing er am 10. Januar 1921, vorerst im zwei Wochen-Rhythmus an. Ab September übersiedelte er mit seiner Familie endgültig nach Weimar und unterrichtete jeden Tag am Bauhaus. Auch sein damals vierzehnjähriger Sohn besuchte als jüngste Schüler das Bauhaus.
Klees Weggefährte Wassily Kandinsky trat 1922 ebenfalls eine Lehrstelle am Bauhaus an. Der Künstler genoss größtes Ansehen, daher vertraute man ihm die Leitung der Werkstätte für Gold-, Silber- und Kupferschmiede, Glasmalerei sowie Weberei an.
Ein weiterer Meilenstein seiner Karriere war die erste organisierte Einzelausstellung Klees in den USA. Die Künstlerorganisation Société Anonyme, Inc. stellte Januar und Februar 1924 verschiedene Paul Klee Werke einem breiten Publikum vor. Katherine S. Dreier, die Veranstalterin, wollte diese moderne und besondere Kunst auch in New York fest etablieren.
Zum Andenken an den Blauen Reiter gründete Klee zusammen mit Lyonel Feininger, Wassily Kandinsky und Alexej von Jawlensky die Ausstellungsgemeinschaft 'Blaue Vier'. Große Begeisterung in Frankreich löste Klee mit seiner Soloausstellung in Paris aus.
1926 zieht Klee mit seiner Familie von Weimar nach Dessau. 1927 reist er im Spätsommer nach Porquerolles und Korsika. 1929 befindet sich das Ausnahmetalent auf dem Höhepunkt seines Erfolgs. Er zählt zu den international angesehensten Künstlern in Deutschland. Bis 1931 blieb er dem Bauhaus in Weimar treu. Doch die unruhigen Zeiten gehen auch an Klee nicht spurlos vorbei. Daher trat er am 1. Juli 1931 eine Stelle als Professor an der Kunstakademie Düsseldorf an.
In einem nationalsozialistischen Blatt werden Paul Klees Bilder und er selbst diffamiert. Sogar die Gestapo durchsucht seine Wohnung. Die fristlose Beurlaubung erhielt Paul Klee am 21. April 1933. Die Düsseldorfer Akademie sprach ihm bald darauf die Kündigung aus. Dem ehemaligen Lehrmeister war der Ernst der Lage sofort bewusst, sodass er und seine Familie 1933 in die Schweiz emigrierte.
1935 beutelte ihn das Schicksal erneut. Im August erkrankte der Maler an einer Lungenentzündung und am Ende des Jahres diagnostizierten die Ärzte eine Autoimmunerkrankung Sklerodermie. Über ein Jahr hatte Klee mit zahlreichen Beschwerden zu kämpfen und war sogar bettlägerig.
1937 schöpfte er wieder neuen Mut und stellte seine Maltechniken um, damit er wieder produktiv sein konnte. Ein Jahr vor seinem Tod schuf er über 1253 Werke. Im April stellt Klee ein Gesuch für den Erwerb der Schweizer Staatsbürgschaft, die ihm allerdings erst wenige Tage nach seinem Tod zugesprochen wurde.
Am 29. Juni starb Klee im schweizerischen Muralto im Bezirk Locarno. Etwa 9.000 Kunstwerke und kunsttheoretische Schriftstücke umfasst der Nachlass. Dieses außergewöhnliche Vermächtnis hat Generationen von Künstler inspiriert, und wird es wohl auch noch in Zukunft tun.