Es gehörte zur damaligen Zeit fast schon zum guten Ton, als Maler einen längeren Aufenthalt in Italien vorweisen zu können. Für viele Künstler galt das Kunst-gesegnete Land als Mekka. So kam es, dass auch das Malergenie im Jahr 1600 zu einer Studienreise nach Italien aufbrach. Am 9. Mai 1600 ging die Reise los. Seinen ersten Halt machte er in Venedig. Mithilfe eines Mittelsmanns kam der Barockmaler mit dem Herzog von Mantua in Kontakt. Dieser war von ihm und seinen Künsten beeindruckt und holte ihn zu sich nach Mantua als Hofmaler. Von 1600 bis 1602 arbeitete das Ausnahmetalent am Ölgemälde 'Die Kreuzabnahme'. Dies war sein erster Großauftrag für die Privatkapelle der Eleonora de’ Medici Gonzaga, Herzogin von Mantua.
1603 wurde Peter Paul als Überbringer von Geschenken für König Phillip III. ausersehen und begleitete eine diplomatische Gesandtschaft nach Madrid. Diesen Auftrag erteilte ihm der Herzog von Mantua. Am spanischen Hof fertigte der Meister etliche Werke an. Darunter befand sich unter anderem das Gemälde 'Reiterbildnis des Herzogs von Lerma'.
1604 kehrte der Malerfürst zurück nach Mantua. Sofort nahm er wieder seine Arbeit auf und fertigte ein Triptychon für die dortige Jesuitenkirche an, das die Familie Gonzaga in Anbetung der Heiligen Dreifaltigkeit zeigte.
Ende 1605 zog es ihn erneut nach Rom, um für die Kirche Santa Maria in Vallicella ein dreiteiliges, auf Schiefertafeln ausgeführtes Altarbild zu entwerfen. Dieses Projekt dauerte über mehrere Jahre. Erst 1608 vollendete der Barockmaler das Altarbild. Zwischenzeitlich machte er mit dem Herzog einen Abstecher in die italienische Stadt Genua, wo Peter Paul die Marchesa Spinola malte.
1608 erhielt er Nachricht aus Antwerpen, dass seine Mutter krank sei. Peter Paul Rubens packte seine Sachen und eilte im Herbst 1608 heimwärts, in der Hoffnung, dass es noch nicht zu spät sei. Als er in Antwerpen eintraf, wurde ihm mitgeteilt, dass seine Mutter bereits verstorben war. Der Tod seiner Mutter hinterließ bei dem Maler Spuren. Seinen ursprünglichen Plan, nach Italien wieder zurückzukehren, schmiss er über den Haufen.
Es gab einige Angelegenheiten in Antwerpen zu regeln. Der Statthalter der spanischen Niederlande, Erzherzog Albrecht und Isabella, lockten Peter Paul außerdem mit dem Versprechen in die Stadt, ihn bei passender Gelegenheit zum Hofmaler zu ernennen. Daher fasste der Maler den Entschluss, in Antwerpen zu bleiben und vorerst das Haus der Mutter zu bewohnen.